In veel gevallen is de oorzaak van een spondylolyse een genetisch (aangeboren) aanlegstoornis van de boog van een wervel. Dat wil zeggen dat de wervelboog niet goed vastgroeit. Een andere oorzaak kan zijn dat er een zogenaamde stressfractuur ontstaat. Een stressfractuur ontstaat door overbelasting van de lage rug. Denk aan een overbelasting wanneer u uw rug vaak overmatig strekt en roteert. Dit komt geregeld voor bij sporten zoals turnen, gewichtheffen, roeien, honkbal, golfen of voetbal.
Als gevolg van een spondylolyse ontstaat in veel gevallen een spondylolisthesis, ook wel een wervelafglijding genoemd.